おおよそ状況は把握できたので、
(給与計算してくれる)人事労務freeeに標準報酬月額を設定し、再計算してもらったところどうにも実際の社会保険料の引き落とし額と合わない。
手計算しても合わないのでよく確認すると、人事労務freeeの「健康保険」の標準報酬月額だけ変えていて「厚生年金保険」のほうを変えてなかった。再計算して引き落とし額と一致したのでこれで良さそう。