Nossa, já joguei Atari na casa de primos (muito criança mesmo). Não lembro como era a entrada do controle, mas se vc diz que é o mesmo do master/mega, então já desenhei mentalmente essa entrada no Atari... kkkk
Nesse vídeo o cara mostra ele funcionando, na descrição do vídeo ele fala ali alguns modelos de dispositivos compatíveis, aparentemente era uma conexão/padrão bem comum na época, e a SEGA seguiu ele:
https://youtu.be/WQQRkJuMoo8
O cara mostrou exatamente o mesmo modelo de controle que comprei para substituir o quebrado (passei meses usando o controle que não me permitia "olhar pra cima", kkkkk).