Mateus 11:11-13
1 - João Batista era nessa ocasião o Profeta mais visado e respeitado da Judeia, seria literalmente impossível um Profeta reconhecido de Deus se tornar discípulo de alguém ainda desconhecido de TODOS, sem tornar esse alguém alvo primário de todo establishment Estatal e Religioso da época. Fora o fato de escandalizar a todos, pois o ministério de Jesus foi gradual, assim como revelações sobre sua própria natureza divina (tudo foi um processo gradual, tanto que foi Pedro a reconhecer Cristo como Divino pela primeira vez, muito tempo depois);
2 - João Batista possuía um voto de Nazireu perpétuo, ele era obrigado a viver em reclusão, assim como obedecia a costumes próprios dos Essênios/Zadoquitas, refletindo o cumprimento estrito de leis do Antigo Testamento (o que depois se evidenciou conflituoso com a Nova Aliança trazida por Cristo, referente inclusive a costumes, como está no relato do Evangelho);
3 - João tinha uma missão objetiva que provavelmente recebeu por revelação: ser a voz que clama do deserto, anunciando o Juízo/Vinda do Messias, ou seja, ser o Profeta 'Elias' que retornaria para isso;
Por fim, ele sabia que Jesus era o Messias, mas creio que não compreendia como isso se revelaria para todos, provavelmente tinha a mesma opinião da maioria, pensando ser a vinda do Reino de forma 'física' com a destituição do Império Romano e etc