É simples, caso tenha um computador livre, procure no docker hub ou github por: jellyfin docker linuxserver.
La terá um manual de como implantar o jellyfin em um servidor.

Sobre as mídias, durante a implantação você ira definir uma pasta onde ira colocar.
Ai pode separar por series, categorias de filmes e etc.

Eu poderia tentar lhe ajudar pontualmente, o trabalha mundano me ocupa demasiado tempo.