En conjunto, la mejor app de notas actualmente es Obsidian

Está basada en archivos locales que puedes respaldar fácil y privadamente (puedes usarla offline, o sincronizarla de mil formas)

Y con una comunidad enorme desarrollando plugins open source, se adapta a todo tipo de uso

Su sistema de enlaces y sus opciones de personalización son inigualables. Y aún así, si quieres usarla de la forma más simple posible, cumple con creces

https://obsidian.md

En un segundo puesto, no tan lejos, está Joplin. Muy recomendable

Tiene funcionalidades muy similares y usa Markdown (aunque no es tan extensible, y debes exportar manualmente para conseguir tus archivos). Es más similar a una app de notas tradicional, tipo Evernote, y en eso cumple de sobra.

Además es completamente open source (a diferencia de Obsidian)

https://joplinapp.org
https://m.primal.net/IbTQ.png 

Y en el terreno de las apps de notas básicas, el rey es Standard Notes, también Open Source

Ofrece gratis notas ilimitadas encriptadas de extremo a extremo, y una experiencia de uso sencilla. Usa archivos de texto plano .txt, sin complicaciones (eso sí, tienes que exportarlos si los quieres trasladar)

Su propuesta es la longevidad y la fiabilidad, garantizando la privacidad

Además han sido adquiridos por Proton, empresa insignia en privacidad. Garantía de futuro

https://standardnotes.com

https://m.primal.net/IbTT.png 

Hablaré más detalladamente de estas y otras apps de notas en el futuro, he pasado por casi todas y tengo muchas opiniones al respecto

Para mí, esas 3 son el top actualmente, si eliges cualquiera de ellas no vas a fallar. Todas tienen sus pros y sus contras, pero todas cumplen

Si te interesa ver alguna alternativa más, te recomiendo visitar el repositorio de baoteca

https://baoteca.com/notas

https://m.primal.net/IbTV.png