Já fiz um teste de estresse e a temperatura é realmente a causa do Pc desligar.
Tenho um Xeon 2696v3 com unlock e mais algumas modificações na BIOS, o que faz ele bater um pico de 160w de TDP. Já é esperado problemas como esse.
A última limpeza que fiz no PC foi a mais de 1 anos atrás, então já estava passado da hora mesmo de o fazer.