Não é bem assim não, Pedro. É claro que, ao usá-lo de forma "errada", você estará fortalecendo as bactérias concernentes àquela doença que está sendo especificamente tratada naquele momento oportuno. No entanto, já é bem sabido pela ciência que a principal causa de resistência aos antibióticos é o uso indiscriminado dos mesmos (para tratar qualquer resfriado, por exemplo), e não o mero uso inadequado durante uma eventual enfermidade.
Acredito que quanto mais natural for o tratamento, melhor será. 😘