Os principais elementos estruturais que permitem que os fitoestrógenos se liguem com alta afinidade aos receptores de estrógeno e exibam efeitos semelhantes aos do estradiol são:[1]

O anel fenólico indispensável para a ligação ao receptor de estrógeno
O anel de isoflavonas imitando um anel de estrógenos no local de ligação dos receptores
Baixo peso molecular semelhante aos estrógenos (MW = 272)
Distância entre dois grupos hidroxila no núcleo das isoflavonas semelhante à que ocorre no estradiol
Padrão de hidroxilação ideal
Além da interação com ERs, os fitoestrógenos também podem modular a concentração de estrógenos endógenos pela ligação ou inativação de algumas enzimas e podem afetar a biodisponibilidade dos hormônios sexuais, deprimindo ou estimulando a síntese de globulina de ligação ao hormônio sexual (SHBG