*A implementação das BIPs não necessita de mudanças estruturais no código fonte, esse é um dos principais fatores para a escalabilidade do Bitcoin, assim como os NIPs no Nostr.

Agora sobre sua pergunta, depende muito sobre que tipo de vulnerabilidade estamos falando, mas no geral não. Temos como exemplo a ameaça da evolução na computação quântica, em contra partida existem tecnologias de criptografia Quantum-Resistent que pode ser implementada. 

Mas já houveram sim casos de mudança no código fonte por vulnerabilidade, quais obtiveram sucesso, bem nos primórdios do Bitcoin.